台灣基督長老教會是普世長老教會及改革宗教會的一份子，它的歷史根源，可以上溯至公元1865年，英國長老教會宣教師馬雅各醫生在台灣南部之宣教，以及公元1872年，加拿大長老教會宣教師馬偕博士在北部所開展的宣教工作。

公元1865年英國宣教師馬雅各醫師（Dr. James L. Maxwell, M.A., M.D., 1836-1921） 奉派來到台灣，選定台灣府（今台南）做為英國長老教會台灣宣教的中心，在台南看西街亭仔腳設立看西街醫館（即新樓醫院前身）及禮拜堂。當時，英國教會差派到台灣的宣教師都是傑出的醫師、教育家和科學家，當他們一起聚集到台南，除了展開醫療援助和傳道工作，也為本地人民帶來了新興的西方文明思想，使台灣的醫術科學化，並對世界的歷史、天文、地理和數學常識有更深一層的認識。此外，宣教師們也逐步協助民眾吸收中西文化、科學知識、聖經要義及基督教的福音。傳教事工大約於公元1870年開始在各地教會設立小學，1876年首創台灣第一所大學「府城學院(Capital College)」，即今日的台南神學院前身。公元1883年3月15日宣教事工決定創辦教會中學，公元1885年9月21日（清光緒11年），正式由英國基督長老教會選定府城台南，創辦全台灣第一所西式中學－「長老教會中學」，即今日「長榮高級中學」的前身，迄今（公元2022年）已有137年的悠久歷史。

公元1954年長榮中學第二任董事長陳明清先生，考察日本大學的發展趨向，在研究日本基督教大學的特色後，經台灣基督長老教會總會議決通過，由陳明清、吳基福等15名董事籌組「長榮文學院」第一屆董事會，可惜受限於當時教育部對於設立大學禁令，未能如期進行籌設。長榮中學第三任董事長侯全成先生任內（公元1963-1965年），設立大學的禁令尚未解決，希望先行設立專科學校，但是為眾議所阻。長榮中學第四任董事長吳基福先生（公元1966-1985年）任內，雖然積極計畫並提出具體方案，卻受限於法令，始終停留在籌備階段。

公元1985年，黃仁村醫師接任長榮中學第五任董事長，適逢教育部解除設立私立大學禁令，遂與時任長榮中學校長蘇進安博士、長榮女中董事長劉快治女士共同研議創設「長榮工學院」，以延續長老教會對台灣文化、教育、醫療的功勞與貢獻。

公元1988年3月正式向教育部提出籌設「長榮工學院」之申請，於公元1989年6月獲得教育部核准（台78高26488號），並於當年8月成立長榮工學院董事會，奉准備查（台78高42620號）； 公元1990年2月3日完成財團法人設立登記（南院民法登3781號）。

公元1992年11月16日長榮工學院奉准改為長榮管理學院（台81高62959號），公元1993年2月16日財團法人私立長榮管理學院登記核准（南院民法登9171號）。聘請林邦充教授為首任校長，並且參與82學年度大學聯招，設「資訊管理」、「企業管理」、「國際企業」、「會計」等四個學系，獲核定招收新生200名，在我國高等教育發展史上，樹立基督徒辦學之里程碑。

1997年簡春安教授擔任第二任校長，任內致力於人文教育之培養，並配合專業教育，以期達成全人教育的目標，尤其在服務教育與藝術教育方面之推展更是不遺餘力。

2000年蕭龍生教授擔任第三任校長，任內積極推動長榮管理學院改名為長榮大學，落實全人教育、提升教學品質、加強研究風氣、擴大推廣服務、適度增設系所並積極廣拓財源。

2001年長榮管理學院董事會財務危機，得到彰化基督教醫院黃昭聲院長及時幫助，以新台幣約10億元購買長大保留區20多公頃土地。隔年並承諾對學校提供財務支援、長期協助學校發展及致力促成籌設中之彰化基督教醫學院併入長榮管理學院，後雖因為當年醫學院核准名額由馬偕取得，醫學院願景落空未能實現，但在財務體質改善過程中，也間接推進了長榮管理學院升格大學的發展，於2002年10月1日奉教育部台(91)高(3)字第91137638號函核定，自91學年度起改名為「長榮大學」。

2003年陳錦生教授擔任第四任校長，以清新的活力帶領全校師生邁入新的紀元。為使校園硬體設施完善，在任期間，完成蘭大衛紀念圖書館、行政大樓與學生活動中心的興建。另一方面，重視校園美化，鼓勵校內師生創作之藝術作品陳列於校園，並形塑本校成為「南台灣最好的私立大學」，不僅以此為標竿邁進，更在教學及校務推動上年年成長。

2007年9月6日配合「台鐵台南沙崙支線計畫」工程用地，隔年年底，本校由時任董事長楊四海先生參與「台鐵台南沙崙線長榮大學附近車站聯外道路工程用地取得案」會議，無償提供校門口四十米大道為車站聯外道路，獲得鐵路局感佩與回饋，以本校校名命名車站，於2011年1月2日「長榮大學站」正式通車啟用。同年12月23日，本校參與教育部100年度大學校院校務五大評鑑項目，全數通過。

2013年8月李泳龍教授擔任第七任校長，致力給予學生專業的教學場域與豐富的圖書資源，並提供精緻的住宿環境。為發揚全人牧育的精神，不僅鼓勵校園社團活動，拓展國際交流，並透過專業的產學接軌，為學生提供多元且高品質的教育機會。另一方面，長榮大學於2019年首度參與QS世界大學星級評等（QS Stars Rating），榮獲四顆星殊榮，並透過持續精進於2022年獲最高的五顆星殊榮。2025年獲評為QS亞洲最佳大學排名307名，在QS世界大學排名中進入1,001〜1,200名，顯見本校國際化辦學成效獲得肯定，更加激勵教師教研精實，提升學生國際移動力，以豐富本國與外國學生的交流環境，帶領本校朝向世界一流的基督教大學之目標邁進。

長榮大學承續基督教徒精神，秉持敬天愛人、惜物力行之核心價值，致力於大學社會責任與實踐，以敬虔上主、啟迪智慧，拓展國際視野，對社會及環境教育的使命。2014年，本校成立國際珍古德根與芽生態教育中心，使長榮大學成為地方社區環境教育基地，並於2016年獲得環保署的肯定，獲頒「第四屆國家環境教育獎」，成為名符其實的「水岸綠色大學」。

長榮大學在校園積極建立綠色文化，從採購面向上著手降低對環境的負擔，至2023年為止已連續六年獲台南市綠色採購績優獎。更於2022至2024年榮獲環境部第4—6屆國家企業環保獎殊榮。

為落實本校「深耕在地、連結國際，成為永續發展典範大學」之校務發展總目標，本校自2016年出版永續發展報告書，並參加TCSA台灣企業永續獎，迄今年年獲獎，展現本校完備利害關係人溝通之承諾，以及落實永續發展之決心。為擴大師生社會參與，推動全體教職員生整合與合作，本校實踐SDGs永續發展於2021 AREA亞洲企業社會責任獎(Asia Responsible Enterprise Awards)獲綠色領導獎(Green Leadership Category)，足見長榮大學長期對於永續面向的耕耘備受國內及國際肯定。

2023年世界綠色大學評比，全球1183所大學參加，本校名列第116名，全國名列第11名，以「淨零、永續、創新」之理念實踐「教育、場域、研發」創新之目標，將「永續」價值散播至校園每一位師生以及世界每一個角落，努力朝向世界優質的綠色永續大學邁進。

長榮大學透過地方創生活動之實作，積極促進國際經驗交流，連結世界其他參與根與芽計畫的學校，並增加學生及流域居民的環境關懷與國際移動力。並於2017年成立尤努斯社會企業研究中心，為南台灣之首、同時也是全國第二個，世界第三十個以諾貝爾和平獎得主尤努斯博士(Dr. Muhammad Yunus)之名所設置的社會企業中心。透過教育及訓練培育等方式，推廣社會企業理念，將社會公義種子擴及至世界上的每一個角落。從而進一步落實本校社會責任與永續發展目標，並成為培育台灣社會企業人才的重要推手。為了培養學生具有國際移動能量與視野，本校於政府推動南向政策前，便已深耕港澳、印尼、馬來西亞、越南、菲律賓、泰國等國家多年，除了簽訂姐妹校契約，更與澳洲公立昆士蘭科技大學、墨爾本皇家理工大學、美國中田納西州立大學、日本函館大學、聖學院大學、BHMS瑞士飯店管理大學共同實施雙聯學制，提供學生跨國就學之需求。

回顧創校初期的艱辛，身為創辦人黃仁村醫生表示，若沒有上帝的應允與恩典，就沒有今天的長榮大學。從一開始與蘇進安創辦人四處尋覓校地與創校資金的籌募，動員長榮中學教師、家長及校友們積極奔走籌辦，感動社會賢達來協助，奠定了本校發展基礎。歷經籌備、創校、改名等各階段，在董事會及校長領導之下，全體教職員工生努力配合，積極辦學，建立制度，創造特色，目前設有管理學院、健康科學學院、人文社會學院、資訊暨設計學院、神學院、永續教育學院、環境教育國際實驗學院、安全衛生科學學院、及博雅教育學部，創校迄今屆滿31年。

為完成各階段校務發展使命，持續挹注所需的軟硬體設備，打造多元的學習環境，激發學生學習動機與潛能。本校擬定八大發展策略─「全人牧育」、「適性揚才」、「產研精實」、「國際參與」、「校園永續」、「永續發展」、「組織精進」及「智慧校園」，全體同仁秉持著以「效法耶穌濟世救人精神，成為世界一流的基督教大學」為願景；「敬天、愛人、惜物與力行」為核心價值；邁向「深耕在地，連結國際，成為永續發展典範大學」為理想目標，深信在基督福音的孕育眷顧下，必然開花結果。

囿於國內少子化現象迫使教育產業之經營日趨嚴峻，本校於2024年10月14日進行董事長、書記董事、小組召集人改選，由台灣基督長老教會總會總幹事陳信良牧師擔任董事長，兵政隆牧師擔任書記董事，陳信良表示，期望未來透過持續的整合規劃，冀望帶領本校迎來新氣象，使長榮大學發揮台灣基督長老教會總會屬下機構的特色；同時期許透過彰基與長榮大學之間的合作，讓醫療與教育的互動，幫助彼此在各自的領域上有所突破，讓自身成為見證，將福音宣揚。